艾滋病的致病源HIV是一种逆转录病毒，这种逆转录病毒的靶部位，特别是连结在人体细胞基因上的病毒DNA非常隐蔽，它们与宿主细胞的DNA整合，长期潜伏而不被察觉。由于HIV能够感染多种组织和细胞，从而使治疗更加困难。尤其是HIV可潜伏于中枢神经系统的细胞中，由于血脑屏障的保护作用，多种药物都不能通过。即使某些药物可通过血脑屏障，但受HIV损伤的脑细胞已不能恢复，而且继发于艾滋病的疾病如卡波济氏肉瘤、侵袭性淋巴瘤和某些条件性感染，它们引起的并发症本身就很难根治。HIV的复杂性加上艾滋病本身的破坏性，使不少学者认为此病威胁性之大，几乎是不可能治愈的。
治疗艾滋病较为理想的抗病毒药物，从理论上讲应满足以下要求：应当是特异的，对HIV本身有作用，对宿主细胞无毒性，必须毒性低且能保护非感染细胞；能口服吸收且能通过血脑屏障，既能抑制病毒复制，又无严重副作用。但是这种药是极难研制成功的。对于艾滋病患者来说，在当前的条件下，治疗是非常棘手的。感染HIV后，前病毒脱氧核糖核酸永远与宿主细胞结合在一起，致使爱艾滋病病毒感染后的 人体免疫细胞几乎没有可能只袭击病毒而不伤害自身细胞，况且艾滋病病毒侵袭的主要是T4淋巴细胞，致使感染永不消失，机体也无法清除病毒，目前使用的西药AZT、ddC、ddI、D4T、3TC等都不可能治愈艾滋病。
艾滋病的疗效原则一般为抗感染、抗肿瘤、抑制或杀灭病毒，以及增强免疫功能。
我国中医专家在坦桑尼亚用中药试治艾滋病的实践证明了用中医药治疗艾滋病是可行的和有效的。具体表现在：
①某些中医方药有抑制病毒的作用，如甘草、苦瓜、天花粉、紫花地丁、黄芩等；
②增强和调节免疫作用，如人参、黄芪、当归、甘草等；
③改善症状，乏力、发热、消瘦、腹泻的改善效果明显。目前还有一些学者正在试用针灸疗法治疗艾滋病，也取得了一些初步效果。
由于艾滋病病毒的变异性很强，基因突变使HIV抗药已产生了对AZT等药的抗药性。试验研究表明，有些HIV已产生了对AZT等药的抗药性。一般来说，用药半年后将产生抗药性。
总之，治疗艾滋病是一件极为困难的任务，迄今为止甚至还看不到成功的曙光，药学家们所面临的挑战是空前巨大的。
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